ในศตวรรษที่ 23 โลกเกิดสงครามแย่งชิงทรัพยากรระหว่าง 4 กลุ่มขั้วอำนาจใหญ่ แคปิตอล เบาเฮาส์ มิชิมา และ อิมพีเรียล ระหว่างที่ มิช ฮันเตอร์ (โธมัส เจน) และ นาธาน รูเกอร์ (ฌอน เพิร์ตวี) จากกลุ่มแคปิตอล เข้าประจัญกับกลุ่มเบาเฮาส์นั้น พวกเขาบังเอิญทำลายคุกใต้ดินที่ฝังอยู่ใต้พื้นโลก ปลดปล่อยมนุษย์กลายพันธุ์ที่ถูกขังอยู่ในนั้นเป็นเวลานานนับร้อยปีออกมา
เมื่อที่คุมขังถูกทำลาย กองทัพมนุษย์กลายพันธุ์อันแข็งแกร่งและโหดเหี้ยม ก็ออกมาทำลายล้างทุกสิ่งทุกอย่างตรงหน้า กองกำลังมนุษย์โลกทั้ง 4 กลุ่ม ต้องหันมาจับมือกันต้านกำลังกองทัพมนุษย์กลายพันธุ์ พวกเขาเลือก คอนสแตนติน (จอห์น มัลโควิช) ขึ้นเป็นผู้นำ เตรียมดำเนินการละทิ้งพิภพโลก ทอดทิ้งเหล่าประชากรมนุษย์ที่ไร้เดียงสา ให้อยู่เผชิญชะตากรรมโหดร้ายอย่างสิ้นหวัง
ทว่าก่อนที่คอนสแตนตินจะดำเนินการ ผู้นำของกลุ่มภราดรภาพ บาทหลวง แซมมวล (รอน เพิร์ลแมน) ปรากฏตัวขึ้น และอ้างว่าตนเป็น ผู้ส่งสาร ตามที่หนังสือคำทำนายระบุไว้ บาทหลวงแซมมวลโน้มน้าวให้คอนสแตนตินปฏิบัติตามคำทำนาย ด้วยการมอบยานและคณะลูกเรือให้แซมมวล เพื่อเดินทางไปทำลายมนุษย์กลายพันธุ์ ณ ใต้พื้นโลก
มิชได้รับเลือกให้เป็นผู้นำปฏิบัติการพิเศษนี้ ร่วมด้วยยอดฝีมือจากเบาเฮาส์ สไตเนอร์ (เบนโน เฟอร์มานน์) มือมีดหญิง เซเวเรียน (แอนนา วอลตัน) นักสู้ผู้เงียบขรึม เอล จีซัส (หลุยส์ เอเชกาไรย์) สาวสวยผู้ไร้ความกลัว ดูวัล (เดวอน อาโอกิ) และนักรบผู้ทรหด จูบา (ทอม วู) พวกเขาติดตามบาทหลวงแซมมวลไปสู่ความมืดมิด เพื่อต่อสู้ปกป้องเผ่าพันธุ์มนุษย์เอาไว้ให้ได้
